MMADPE:基于多跳图的药物重新定位,使用双模态图位置编码的Mamba聚合
Pengli Lu1, Mingxu Li2, Fentang Gao3
1School of Computer and Artificial intelligence, Lanzhou University of Technology, Lanzhou, 730050, Gansu, China. lupengli88@163.com.
Molecular diversity
|September 30, 2025
概括
这项研究介绍了MMADPE,一种用于药物重新定位 (DR) 的新框架,通过建模复杂的网络关系和生物语义来增强药物疾病关联预测. MMADPE显著优于现有方法,为治疗应用提供了新的见解.
科学领域:
- 计算生物学 计算生物学
- 药理学 药理学是指药理学的学科.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 药物重新定位 (DR) 对于确定现有药物的新用途至关重要.
- 当前的计算DR方法与高阶关系,组合网络属性和生物解释性作斗争.
研究的目的:
- 提出一种新的药物重新定位框架,MMADPE,解决现有计算方法的局限性.
- 增强远程药物疾病相互作用的建模,并将拓结构与生物语义结合起来.
主要方法:
- MMADPE使用Graph Mamba构建具有多跳集成的相似性网络,以高效集成多顺序邻里信息.
- 双模态图的位置编码捕捉了全球拓和本地节点的强度.
- 一个GraphGPS混合架构融合了封闭的图形卷积和变压器注意力,用于特征提取.
主要成果:
- 在药物重新定位的三个基准数据集上,MMADPE的表现始终优于最先进的方法.
- 案例研究和分子对接实验验证了MMADPE的有效性.
- 该框架提供了对新型药物疾病关联的机制性见解.
结论:
- 通过整合网络结构和生物意义,MMADPE在计算药物重新定位方面取得了重大进展.
- 该框架展示了发现药物的以前未被认可的治疗应用的潜力.
- MMADPE为药物发现提供了更易于解释和更有效的方法.
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