无意义介导的mRNA衰变在限制长非编码RNA表达中的作用已被保留在具有RNAi能力的芽酵母中
Maxime Wery1, Ugo Szachnowski2, Constance Creux2
1ncRNA, Epigenetic and Genome Fluidity, Institut Curie, Sorbonne Université, CNRS UMR3244, F-75248 Paris Cedex 05, France maxime.wery@sorbonne-universite.fr antonin.morillon@curie.fr.
这项研究表明,无意中介衰变 (NMD) 和翻译调节酵母中的长非编码RNA (lncRNAs). RNA干扰 (RNAi) 机制影响双链RNA (dsRNA) 代谢,影响lncRNA的稳定性.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 在RNA生物学,RNA生物学.
背景情况:
- 大多数真核生物使用Dicer和RNA干扰 (RNAi) 来处理双链RNA (dsRNA) 变成小的干扰RNA.
- 发芽的酵母Saccharomyces cerevisiae缺乏Dicer,但从反意义长非编码RNA (lncRNAs) 呈现普遍的dsRNA形成,这些RNA通过无意义介导的mRNA衰变 (NMD) 逃脱退化.
- lncRNAs的转录后代谢和RNAi在S. cerevisiae之外的功能影响仍然在很大程度上未被探索.
研究的目的:
- 为了研究在Naumovozyma castellii中 lncRNAs的后转录代谢,这是一种具有细胞质RNAi的芽酵母.
- 阐明RNAi对转录组的功能影响,特别是关于dsRNA形成的lncRNA和NMD目标.
- 探索NMD,翻译和RNAi在调节lncRNA稳定性和小RNA生产中的相互作用.
主要方法:
- 使用突变菌株 (Upf1,其他NMD因子) 和翻译延长抑制,在Naumovozyma castellii中对NMD标进行分析.
- 核糖体造型 (Ribo-seq) 用于确认核糖体与 lncRNAs 的结合.
- 对野生类型,缺乏NMD和Dicer无活化的酵母菌株中小RNA生产和dsRNA积累的分析.
主要成果:
- 鉴定了592个lncRNAs在Upf1突变体中累积,表明转化依赖的降解.
- 发现Dicer编码mRNA (DCR1) 也受到NMD的调节,其在NMD缺乏细胞中的上调与dSRNA形成的lncRNA和mRNA的小RNA产生增加有关.
- 证明Dicer无活化减弱了Upf1缺乏细胞中dRNA形成的NMD标的积累.
结论:
- 无意中介衰变 (NMD) 和翻译在lncRNAs的转录后调节中起着保留的作用.
- 内源RNA干扰 (RNAi) 通过影响dRNA形成NMD标的代谢,对转录组产生功能性影响.
- 这项研究提供了关于酵母菌中IncRNA稳定性和小RNA生物发生的复杂机制的见解.
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