解读瘤微环境组合使用批量转录组学:最近进展和公开挑战的指南
Sotiris Ouzounis1, Donya Zojaji2, Sandra García-Mulero3
1Institute of Chemical Biology, National Hellenic Research Foundation, Athens, Greece.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|September 30, 2025
概括
瘤微环境 (TME) 解卷分析从批量转录组学估计了细胞类型. 对三阴性乳腺癌 (TNBC) 数据的基准测试CIBERSORTx和BayesPrism揭示了影响准确性和可重复性的因素.
科学领域:
- 癌症生物学 癌症生物学
- 计算生物学 计算生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 瘤是复杂的生态系统,具有多样化的细胞类型,影响癌症的进展和治疗反应.
- 了解瘤微环境 (TME) 是至关重要的,尤其是在免疫治疗的临床应用中.
- 单细胞和空间技术提供高分辨率,但成本高且复杂.
研究的目的:
- 从批量转录组学引入解卷分析,以估计细胞类型的流行率.
- 介绍解卷分析中的进展,挑战和基准分析方法.
- 为优化解卷质量和解释结果提供实际指导.
主要方法:
- 对解卷分析步骤,进展和挑战的审查.
- 强调强大的基准测试,参数定义和指标选择.
- 使用CIBERSORTx和BayesPrism对三阴性乳腺癌 (TNBC) 数据集 (TCGA) 的实践分析.
主要成果:
- 演示如何预处理,参考数据集和软件选择影响解卷结果.
- 强调质量控制对于可靠的解卷分析的重要性.
- 确定影响解卷方法准确性和可重复性的因素.
结论:
- 解卷分析是利用批量转录学探索TME复杂性的宝贵工具.
- 需要进一步的研究来提高解卷方法的准确性和可重复性.
- 优化解卷分析需要仔细考虑方法和数据质量.
关键词:
大量批量货物 批量货物癌症 癌症 癌症 癌症细胞类型 细胞类型面临的挑战 挑战解体解体是一种解体.免疫系统的免疫系统.微观环境是一个微观环境.在TME中,它是最重要的.文字转录学 (Transcriptomics) 是一个学科.更多相关视频
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