美国明尼苏达州基因组监测中关于复发性和顺序性Clostridioides difficile感染的见解,2019-2021年

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 传染性疾病 传染性疾病

背景情况:

• 困难菌感染 (CDI) 经常复发,在治疗和管理方面带来了挑战.
• 复发可能源于同一个菌株的复发或重新感染新的菌株.
• 了解复发性CDI的遗传基础对于开发有效的干预措施至关重要.

研究的目的:

• 评估导致复发性或连续性CDI的C. difficile菌株的遗传多样性和分子进化.
• 使用全基因组测序 (WGS) 区分复发和再感染作为CDI复发的原因.

主要方法:

• 通过人口和实验室监测分析306名患有多次CDI事件 (2019-2021) 的患者的隔离物.
• 全基因组测序 (WGS) 用于识别多位置序列类型 (MLST),核酸变体和移动遗传元素 (MGE).
• 在患者中对顺序C. difficile分离物的比较基因组分析.

主要成果:

• 大多数复发性CDI事件 (64.7%) 涉及相同的多部位序列类型 (MLST),表明相同菌株的复发或演变.
• 在累积突变和同一MLST CDI事件之间的时间之间没有发现显著的相关性.
• 移动遗传元素 (MGE) 在45.6%的相同MLST C. difficile序列基因组对中获得或丢失,这表明了菌株的进化.

结论:

• 复发性CDI是再感染,混合感染中的菌株选择和复发的复杂相互作用.
• 这项研究扩大了对人类胃肠道中C. difficile的进化动态的知识.
• WGS为推动CDI复发的机制提供了关键的见解.