使用无细胞DNA在卵巢癌治疗期间跟踪克隆进化
Marc J Williams1,2, Ignacio Vázquez-García3,4,5,6,7, Grittney Tam8
1Computational Oncology, Department of Epidemiology and Biostatistics, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, NY, USA. william1@mskcc.org.
Nature
|October 1, 2025
概括
高度血清性卵巢癌 (HGSOC) 的药物耐药性往往源于先前存在的克隆. CloneSeq-SV揭示了耐药克隆在治疗过程中扩大,为适应性治疗策略提供了见解.
科学领域:
- 基因组学
- 癌症生物学
- 分子瘤学
背景情况:
- 药物耐药性是高度卵巢癌 (HGSOC) 治疗失败的主要原因.
- 了解HGSOC的克隆演变对于开发有效治疗至关重要.
研究的目的:
- 开发和应用一种新的方法CloneSeq-SV,用于分析HGSOC中的克隆进化和耐药性.
- 随着时间的推移,研究耐药克隆的起源和基因组特征.
主要方法:
- 开发了CloneSeq-SV,将单细胞全基因组测序与在无细胞DNA中的结构变异的深度测序结合起来.
- 应用 CloneSeq-SV 来分析 18 名 HGSOC 患者多年的样本,从诊断到复发.
- 使用匹配的单细胞RNA测序数据进行综合表型分析.
主要成果:
- 在HGSOC中,耐药性通常是由诊断时存在的克隆的选择性扩张引起的.
- 耐药克隆表现出不同的基因组特征,如染色体变,全基因组倍增和瘤基因放大 (例如,CCNE1,MYC).
- 预先存在的克隆特异性转录状态,包括上皮转移到介质酶和VEGF通路,与药物耐药性有关.
结论:
- 在诊断时HGSOC的抗药性状态已经存在,导致复发时的阳性选择和克隆复杂性降低.
- 克隆特异性基因组变化,如ERBB2放大,可能会影响向治疗的疗效.
- 这些发现支持研究基于演变的适应性治疗方案,以克服HGSOC的耐药性.
