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Updated: Jan 16, 2026
06:16
mirMachine: A One-Stop Shop for Plant miRNA Annotation
Published on: May 1, 2021
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霍洛米RA:在微生物基因组中预测miRNA结合点的可复制管道
Jennifer Jessica Bruscadin1,2, Tainã Figueiredo Cardoso3, Liliane Costa Conteville2
1Center of Biological and Health Sciences, Federal University of São Carlos, São Carlos, São Paulo, Brazil.
BMC bioinformatics
|October 1, 2025
概括
研究人员开发了HolomiRA,这是一个计算管道,用于预测向细菌基因组的宿主微RNA (miRNA). 该工具有助于通过识别微生物基因中的miRNA结合位点来理解宿主-微生物群通信.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 主体微生物群的相互作用对健康和疾病至关重要.
- 小RNAs,如微RNAs (miRNAs),是这种通信的关键媒介.
- 预测微生物基因组中的miRNA目标对于理解这些调节机制至关重要.
研究的目的:
- 介绍 HolomiRA,用于预测微生物组基因组中的宿主miRNA点点的计算管道.
- 为了分析细菌基因表达和微生物组功能的宿主-miRNA介导调节.
主要方法:
- 霍洛米拉利用了与标准生物信息学工具 (Prokka,RNAHybrid,RNAup,SUPER-FOCUS) 的Snakemake工作流.
- 它注释了微生物基因组,确定了潜在的miRNA结合点,并评估了它们的可访问性.
- 针对性基因的功能分析是使用SUPER-FOCUS进行的.
主要成果:
- 该管道已成功应用于人类和牛便/肠微生物组.
- 它预测了细菌基因和潜在受宿主miRNAs影响的途径.
- 在不同的宿主和环境中识别了共享或独特的miRNA-target相互作用.
结论:
- HolomiRA是一种用户友好的工具,用于预测 prokaryotic 基因组中的宿主 miRNA 结合点.
- 它作为研究宿主-微生物群通信的假设生成资源.
- 该管道在GitHub上公开提供,用于更广泛的研究应用.
