探索器官间的内皮细胞环境,以空间解析的欧米克数据.
Yashvardhan Jain1, Jodie Jepson2, Roy Chen2
1Department of Intelligent Systems Engineering, Luddy School of Informatics, Computing, and Engineering, Indiana University, Bloomington, IN 47408, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|October 3, 2025
概括
这项研究利用空间奥米克数据在12个人体组织中绘制了细胞距离到内皮细胞的地图. 一个交互式工具可视化这些细胞社区,为生物研究提供了宝贵的资源.
科学领域:
- 空间生物学 空间生物学
- 细胞微环境是细胞微环境.
- 人类组织地图.
背景情况:
- 内皮细胞对血管和淋巴系统至关重要.
- 由于氧度梯度,细胞与内皮细胞的近距离会影响细胞功能.
- 了解细胞与细胞之间的距离是解释组织组织和功能的关键.
研究的目的:
- 在各种人体组织中量化细胞至最近的内皮细胞距离.
- 开发一种用于可视化空间细胞关系的交互工具.
- 分析肠道组织中的内皮细胞邻居.
主要方法:
- 分析了来自12种组织类型的399个空间分辨的欧米克数据集 (47,349,496个细胞).
- 开发开源的细胞距离探索器网络工具.
- 在肠道数据集中对内皮细胞的层次邻近分析.
主要成果:
- 为各种细胞类型生成了细胞到最近的内皮细胞距离分布.
- 细胞距离探索器工具使细胞图的交互式2D和3D可视化成为可能.
- 在小肠和大肠组织中特征化的内皮细胞社区.
结论:
- 为空间细胞距离和邻里分析提供了一个全面的,开放的资源.
- 便于在不同组织中对细胞与内皮细胞的近距离进行比较研究.
- 能够更深入地了解组织结构和健康和疾病中的细胞相互作用.
