通过使用BPformer的基因表达数据预测未知的原发性癌症的起源的协议
Jiajing Xie1, Tongxu Qi2, Ying Chen3
1National Institute for Data Science in Health and Medicine, Xiamen University, Xiamen, Fujian 361102, China.
STAR protocols
|October 3, 2025
概括
这项研究介绍了BPformer,这是一种使用基因表达数据预测未知初级 (CUP) 位点癌症的新方法. 该协议有助于识别主要瘤起源,以改善癌症治疗策略.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 在瘤学瘤学.
背景情况:
- 未知原发性癌症 (CUP) 是一个重大的临床挑战,患者预后不佳.
- 准确识别主要瘤部位对于有效的向癌症治疗至关重要.
研究的目的:
- 通过基因表达数据,提出用于预测CUP主要部位的详细方案.
- 介绍BPformer,这是一个用于CUP主要站点预测的计算工具.
主要方法:
- 开发和描述安装必要软件的协议.
- 收集和预处理基因表达数据的指导方针.
- 培训BPformer模型并使用其Web服务器界面的程序.
主要成果:
- 建立了一个全面的协议,用于预测CUP主要站点.
- 详细介绍了BPformer模型,以便在临床和研究环境中应用.
结论:
- 提出的协议和BPformer工具为改善未知的原发性癌症的诊断和治疗提供了一条途径.
- 这项工作通过确定CUP瘤的起源,促进了针对性的治疗干预.
