相关实验视频
Updated: Jan 16, 2026

11:26
Sequencing of mRNA from Whole Blood using Nanopore Sequencing
Published on: June 3, 2019
14.6K
精确和经济高效的B型肝炎病毒全基因组测序使用纳米孔
Joakim B Stenbäck1,2, Daniel Schmidt3, Ulrika Noborg1
1Department of Infectious Diseases, Institute of Biomedicine, University of Gothenburg, Gothenburg, Sweden.
Journal of medical virology
|October 4, 2025
概括
使用纳米孔技术对整个乙型肝炎病毒 (HBV) 基因组进行深度测序,可提供高精度和成本效益. 这种方法可以进行全面的基因组表征和基因型定型,以改善HBV分子流行病学.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 病毒学 病毒学
- 分子流行病学分子流行病学
背景情况:
- 乙型肝炎病毒 (HBV) 基因组的深度测序增强了分子流行病学.
- 目前的方法可能缺乏用于全面HBV调查的分析分辨率.
研究的目的:
- 使用纳米孔技术开发和评估整个HBV基因组的深度测序方法.
- 评估纳米孔测序对HBV基因组表征,抗性突变分析和基因定型的性能.
主要方法:
- 使用两个重叠的PCR amplicon,对HBV进行全基因组放大.
- 用Nanopore快速条形码套件准备的测序库用于并行样本分析.
- 在MiniIon,GridIon或Flongle设备上进行测序.
主要成果:
- 纳米孔衍生共识序列显示与桑格序列有99.9%的相似性.
- 在低病毒载量 (低至~2 log10 IU/mL,采用优化提取) 实现了全HBV基因组确定.
- 与桑格/qPCR完全一致,用于HBV基因型鉴定;测序成本低 (每基因组6~37欧元).
结论:
- 纳米孔全基因组测序是一种具有成本效益和准确的HBV表征方法.
- 开发的方法适用于基因组表征,抗病毒耐药性分析和基因型定型的常规实验室使用.
- 这种方法显著提高了HBV分子流行病学的分析分辨率.

