通过测序数据来评估转录组和表位组的细胞索引质量的定量措施
Jie Sun1, Robert Morrison2,3,4, Soyeon Kim5
1Department of Human Genetics, School of Public Health, University of Pittsburgh, Pittsburgh, PA, United States.
Frontiers in bioinformatics
|October 6, 2025
概括
我们介绍CITESeQC,这是第一个用于通过测序 (CITE-Seq) 数据对转录组和表皮细胞的细胞索引质量控制 (QC) 的软件. 这种工具确保了准确的基因表达和蛋白质丰度分析,以获得可靠的生物学见解.
科学领域:
- 单细胞多组组学分析
- 生物技术和生物信息学
背景情况:
- 通过测序 (CITE-Seq) 来对转录体和表观体进行细胞索引,可以同时测量基因表达和细胞表面蛋白质.
- 严格的质量控制 (QC) 对于准确的CITE-Seq数据分析至关重要.
- 目前对于CITE-Seq数据没有公开的质量控制方法.
研究的目的:
- 开发第一个软件包,用于CITE-Seq数据的多层,系统和定量质量控制 (QC).
- 解决在CITE-Seq分析中对标准化和可靠的QC的需求.
- 为了增强来自CITE-Seq实验的生物发现.
主要方法:
- 开发了CITESeQC,这是一个用于CITE-Seq数据QC的软件包.
- 在基因表达,表面蛋白和它们的相互作用中实施了多层的QC.
- 利用Shannon和基于相关性的措施进行定量,细胞类型特定的表达分析.
- 创建自动化标记报告,其中包含用户指导的数字.
主要成果:
- CITeSeQC提供基因和蛋白质标记物的系统评估和过.
- 定量测量能够客观地,标准化地评估CITE-Seq数据质量.
- 该软件有助于精确表征细胞类型特定的基因表达.
- 使用表面蛋白标记物实现了细胞类型的可靠分类.
结论:
- CITeSeQC提高了CITE-Seq数据分析的可靠性和准确性.
- 该软件提高了基于基因表达和蛋白质标记物的细胞类型特征的精度.
- 对于推进CITE-Seq技术的临床应用,CITEeSeQC具有显著的潜力.
