哥伦比亚耐药Candida auris分离物的基因组流行病学

科学领域:

• 医学真菌学 医学真菌学
• 基因组流行病学 基因组流行病学
• 传染性疾病 传染性疾病

背景情况:

• 在哥伦比亚,Candida auris是一个严重的公共卫生问题,自2016年以来,它已成为强制报告的对象.
• 以前对哥伦比亚C. auris的基因组多样性和抗真菌耐药机制的了解是有限的.

研究的目的:

• 从哥伦比亚国家监测中进行临床C. auris分离物的基因组表征.
• 为了确定与C. auris.抗真菌耐药性相关的突变.
• 了解哥伦比亚C. auris的遗传多样性和种群结构.

主要方法:

• 在2018年至2024年期间收集的27个临床C. auris分离物的分析.
• 下一代测序 (NGS) 和生物信息学工具 (MycoSNP-nf,TheiaEuk BLAST,Python,MUSCLE,snp_phylogeny) 用于基因组分析.
• 抗真菌易感性测试对anidulafungin,fluconazole和amphotericin B.进行检测.

主要成果:

• 所有的分离物属于IV类,其遗传差异为5-127个SNP.
• 18.5%的分离体对单一抗真菌药物表现出耐药性,81.5%对两种抗真菌药物表现出耐药性.
• 在ERG11 (包括新型G445D),TAC1B和FKS1基因中发现了突变;七个分离物具有没有已知的突变的表型耐药性.

结论:

• 基因组表征揭示了哥伦比亚C. auris的显著抗真菌耐药性,这是由特定突变驱动的.
• 具有表型耐药性的新突变和分离物的存在需要持续的基因组监测.
• 这些发现支持对抗真菌耐药性的增强控制策略,并为侵袭性Candida感染的治疗决策提供信息.