在迪卡里亚之外:28S元编码揭示了潮河口的神秘真菌血统
Madeleine A Thompson1, Birch Maxwell Lazo-Murphy2, Bruce W Pfirrmann3
1School of Earth, Ocean, and Environment, University of South Carolina, Columbia, SC, 29205, USA. mthompson@seoe.sc.edu.
海洋真菌,特别是早期分离真菌 (EDF),对河口生态系统至关重要. 我们的研究强调了28S rRNA基因原始组是捕捉真菌多样性和理解它们在沿海生物地球化学中的作用的理想选择.
科学领域:
- 海洋微生物学 海洋微生物学
- 生态生态学 生态生态学
- 生物地质化学生物地质化学
背景情况:
- 海洋真菌对生物地化学循环至关重要,但仍未得到充分研究.
- 料偏差和数据库缺口限制了目前对海洋真菌群落的理解.
研究的目的:
- 用不同的遗传标记来评估盐和盐沼泽中的真菌多样性.
- 为了确定用于海洋真菌元编码的最有效的基础套件.
- 研究早期分离真菌 (EDF) 在河口生态系统中的作用.
主要方法:
- 在沼泽沉积物和水中对18S,28S和ITS2rRNA基因的元编码.
- 使用的初始化套件包括515F-Y/926R (18S/16S),ITS3mix/ITS4 (ITS2) 和LR0R/LF402 (28S).
- 进行了复制规范化的28S定量PCR (qPCR) 和FUNGuild分析.
主要成果:
- 28S料组有效地识别了早期分离的真菌 (EDF),包括Cytridiomycota,Mucoromycota,Zoopagomycota和Blastocladiomycota.
- EDF在盐比盐更丰富,表明盐度驱动的社区差异.
- 检测到几种假定的脱真菌,这表明在循环中忽视的功能作用.
结论:
- 早期分离的真菌是河口真菌群落和生物地化学过程的重要贡献者.
- 建议使用28S rRNA基因原始组进行全面的海洋真菌元编码.
- 海洋真菌,特别是EDF,在沿海生态系统中可能比以前认为的发挥更为关键的作用.
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