So3D:用于解码生理学和疾病中的组织架构的全面的三维空间omics资源
Hongying Zhao1, Xiangzhe Yin1, Siyao Wang1
1College of Bioinformatics Science and Technology, Harbin Medical University, Harbin 150081, China.
Nucleic acids research
|October 8, 2025
概括
本研究介绍了So3D,这是一种用于构建组织架构和分析3D空间中细胞过程的3D空间奥米克资源. 它提供了绘制基因表达,细胞类型和组织内的通信网络的工具.
科学领域:
- 空间奥米克斯 空间奥米克斯
- 3D组织架构 3D组织架构
- 生物信息资源 生物信息学资源
背景情况:
- 细胞组织成3D结构,对组织和器官功能至关重要.
- 了解细胞状态和3D相互作用对于生物研究至关重要.
- 现有的资源往往缺乏全面的3D空间背景.
研究的目的:
- 开发一个全面的3D空间omics资源,命名为So3D.
- 为了实现3D组织架构的构建和分析.
- 在3D空间环境中剖析生物过程和细胞间相互作用.
主要方法:
- 系统地收集了72个3D空间转录组数据集 (1,132,902个点,882个切片,4个物种).
- 整合与匹配的单细胞RNA测序数据 (763,893个细胞,28个数据集).
- 开发用于3D组织数据检索和分析的灵活分析模块.
主要成果:
- So3D提供了推断3D空间域和基因表达模式的工具.
- 能够在3D中绘制细胞类型分布和细胞-细胞通信网络的地图.
- 便于在3D组织环境中对生物途径进行功能性注释.
结论:
- So3D提供了对3D空间领域,基因表达和细胞通信的全面见解.
- 它是理解组织微环境的有效工具.
- 该资源有助于从3D空间数据中发现新的生物标志物和生物见解.
