使用短读RNAseq在神经元分化的人类诱导多能干细胞中确定拼接切换反感性寡核酸的非目标效应

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 药物发现 药物发现 药物发现

背景情况:

• 反感性寡核酸 (AON) 是化学修饰的DNA/RNA,可以结合RNA序列.
• 拼接切换的AONs调节mRNA前拼接,以恢复或改变蛋白质功能.
• 预测AONs in silico的非目标拼接效应仍然是一个重大挑战.

研究的目的:

• 评估RNA测序 (RNAseq) 的实用性,以评估人类细胞中拼接切换AONs的转录组范围,杂交依赖的非目标效应.
• 为进一步的生物研究确定和优先考虑潜在的非目标效应.
• 为开发更安全,更有效的基于AON的疗法做出贡献.

主要方法:

• 使用了三种不同的拼接切换AON,针对人类转录.
• 进行了短读RNA测序 (RNAseq) 来分析转录组范围内的效应.
• 计算工具rMATS和Whippet被用来识别差异拼接事件.
• 反转录PCR (RT-PCR) 用于验证拼接事件.

主要成果:

• 少数已识别的差异拼接事件可以归因于直接杂交,这突显了仅基于序列同质性来预测非目标效应的困难.
• 使用RT-PCR成功验证了大多数显著的拼接事件.
• 三个测试的AON中的一个与其他AON相比诱导了更多的基因表达和拼接变化,这一发现得到了验证实验的证实.
• 对AON非目标效应的RNAseq数据解释具有挑战性,但可以进行比较性毒性评估和识别AON特定配置文件.

结论:

• 短读RNA测序是一种有价值的,尽管具有挑战性的方法,用于评估拼接切换AONs的非目标效应.
• 这项研究强调了基于单独的序列同样性来预测AON非目标拼接事件的复杂性.
• 这种方法方便了对AON诱导的毒性进行比较,并对AON特定的目标外特征进行表征,这对于推进AON治疗发展至关重要.