软件和管道用于记录和分析动物大脑图像数据在空间参考图书馆的数据
Maja A Puchades1, Sharon C Yates1, Gergely Csucs1
1Neural Systems Laboratory, Institute of Basic Medical Sciences, University of Oslo, Oslo, Norway.
Frontiers in neuroinformatics
|October 10, 2025
概括
新的软件工具可以从高分辨率显微镜图像中精确地绘制大脑结构. 这便于在动物模型中对整个大脑的细胞和亚细胞特征进行可复制的分析.
科学领域:
- 神经科学是一个神经科学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 图像分析 图像分析
背景情况:
- 高分辨率串行显微镜产生大数据集用于大脑研究.
- 需要自动化分析进行解剖学,功能和分子测绘.
- 一致的空间定位对于可重现的研究至关重要.
研究的目的:
- 开发开源软件,用于分析大规模的大脑图像数据.
- 为了使大脑图像能够准确地注册到3D参考地图上.
- 为了促进可重复的神经科学研究的空间上下文分析.
主要方法:
- 开发了用于图像注册的桌面和网页应用程序 (QuickNII,VisuAlign,WebAlign,WebWarp,DeepSlice).
- 在地图上下文中创建了空间数据分析工具 (Nutil,QCAlign,SeriesZoom,LocalZoom,MeshView).
- 集成到EBRAINS研究基础设施中的Web应用程序,用于在线分析工作台.
主要成果:
- 现在可以使用一套用于大脑图像分析的集成软件工具.
- 针对特定的研究需求,可以创建可定制的分析管道.
- 网络应用程序与EBRAINS数据平台相连.
结论:
- 开发的软件生态系统支持对全脑显微镜数据的可重复分析.
- 这些工具有助于在健康和患病的大脑中进行解剖学,功能和分子绘制.
- 未来的发展旨在进一步增强在线分析工作台的能力.
