超深度RNA测序在门德尔障碍诊断中的实用性
Sen Zhao1, Jefferson C Sinson1, Shenglan Li1
1Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, TX 77030, USA; Medical Genetics and Multiomics Laboratory, Baylor College of Medicine, Houston, TX 77030, USA.
American journal of human genetics
|October 11, 2025
概括
超高深度RNA测序 (RNA-seq) 显著提高了罕见拼接异常和低丰度转录的检测,改善了孟德尔病的变体解释. 这种深度测序方法对于准确的基因诊断至关重要.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 临床诊断 临床诊断 临床诊断
背景情况:
- RNA测序 (RNA-seq) 对于识别具有不确定的意义的变异 (VUSs) 至关重要,特别是那些影响基因表达和拼接的变异.
- 目前的RNA-seq协议通常使用适度的测序深度 (50-150万读数),可能缺少关键的低丰度转录和用于准确诊断所需的罕见拼接事件.
研究的目的:
- 评估Ultima测序平台上的超高深度RNA-seq (高达10亿次独特读数) 在四种临床相关组织中的诊断和翻译效用.
- 研究增加测序深度对基因/异形检测,拼接变体发现和VUS解释的影响.
主要方法:
- 验证了Ultima RNA-seq平台的性能.
- 评估基因和异形检测灵敏度,随着测序深度的增加.
- 在不同读取深度的VUS病例中确定了拼接异常 (500万,200万,10亿次读取).
- 开发了MRSD-deep,用于估计最小序列深度要求的资源.
- 使用来自纤维细胞的深度RNA-seq数据创建了一个扩展的拼接变异参考.
主要成果:
- 深度RNA-seq显著提高了检测低表达基因和异型的敏感性,在10亿次阅读时接近和.
- 在VUS病例中,致病拼接异常在5000万次读取时无法检测,但在2亿次读取时变得明显,在10亿次读取时变得更加明显.
- MRSD-deep提供了基因和结层指导方针,用于选择适当的测序覆盖目标.
- 一个扩展的纤维细胞拼接变异参考确定了标准深度数据遗漏的低丰度拼接事件.
结论:
- 超高深度RNA-seq通过检测低丰度的转录和罕见的拼接事件,大大提高了孟德尔病的诊断灵敏度.
- 深度RNA-seq对于解决VUS和提高遗传诊断的准确性至关重要.
- 开发的MRSD深度资源和扩展的拼接参考提供了优化RNA-seq应用在临床和研究环境中的宝贵工具.
关键词:
门德尔的障碍 门德尔的障碍 门德尔的障碍最终的基因组学临床RNA测序的临床RNA测序临床上可访问的组织.深度测序是一种深度测序.最低要求的测序深度.测序深度的测序 测序深度的测序拼接变体的拼接变体超深度RNA测序的研究.不确定意义的变体.

