对预测DNAN-甲基细胞因位点的计算方法进行全面的审查
Zihang Wang1, Aoyun Geng1, Junlin Xu2
1School of Computer Science and Technology, Hainan University, Haikou, 570228, China.
International journal of biological macromolecules
|October 11, 2025
概括
N4-甲基细胞素 (4mC) 对于DNA保护和基因调节至关重要. 计算方法,特别是机器学习和深度学习,正在推进4mC地点的预测,为传统实验提供高效的替代方案.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- N4-甲基细胞氨酸 (4mC) 是一种重要的DNA修饰,参与细菌防御和基因表达调节.
- 传统的实验方法用于识别4mC位点是昂贵和耗时的.
- 计算方法,特别是机器学习 (ML) 和深度学习 (DL),正在成为有效的替代方案.
研究的目的:
- 系统地审查用于预测N4-甲基细胞素 (4mC) 位点的计算方法.
- 为了比较基于ML和DL的预测模型的架构,优势和局限性.
- 为开发改进的4mC预测工具提供资源和见解.
主要方法:
- 关于机器学习和深度学习模型的文献综述,用于4mC预测.
- 系统地比较模型架构和性能.
- 编制和组织相关数据库和基准数据集.
- 对最近提出的预测方法进行比较分析.
主要成果:
- 在过去的五年中,越来越多的ML和DL模型已被开发用于4mC站点预测.
- 该审查详细介绍了各种模型架构,并评估了它们各自的优缺点.
- 为4mC研究编制了关键数据库和数据集.
结论:
- 计算方法,特别是ML和DL,为准确和高效的4mC地点预测提供了有前途的途径.
- 需要进一步发展,以应对当前的挑战,并创建更强大的预测框架.
- 这篇评论对于DNA甲基化领域的研究人员来说是一个宝贵的资源.
