StreptoCAD:一个开源软件工具箱,可以自动化Streptomycetes中的基因组工程工作流程

科学领域:

• * 微生物学 微生物学
• * 分子生物学 * 分子生物学
• * 生物信息学是一门学科.

背景情况:

• *Streptomyces细菌对于发现新的生物活性分子至关重要.
• * 目前用于Streptomyces的基因工程方法是手动的,复杂的和缓慢的,阻碍了高通量探索.
• *需要自动化来简化Streptomyces的基因组工程.

研究的目的:

• * 介绍StreptoCAD,这是一个开源软件工具箱,用于自动化Streptomyces基因组工程.
• * 支持各种基于CRISPR和基因过度表达的策略.
• *加速从Streptomyces发现新的生物活性分子.

主要方法:

• *StreptoCAD自动化了DNA原始和CRISPR指导序列的设计.
• * 该软件模拟了等离子体组合和基因组修改.
• * 它为实验室实施和文档提供标准化的输出,遵守FAIR原则.

主要成果:

• *StreptoCAD提供六个设计工作流程,包括过度表达库,基数编辑和基于CRISPR的基因组工程 (Cas9,Cas3,CRISPRi).
• *实验验证证明了该工具在Streptomyces Gö40/10中产生基因过度表达和CRISPRi淘汰菌株的效率.
• * 该软件确保了可重复性,并简化了数据管理.

结论:

• *StreptoCAD显著简化了复杂的Streptomyces基因工程任务.
• * 该工具通过标准化工作流程和设计参数来促进协作.
• *StreptoCAD准备彻底改变Streptomyces基因组工程,加速自然产品的发现.