输入流:自动化管道用于在体中对Enterococcus faecium/faecalis从短读数中分离的特征

科学领域:

• 微生物学和生物信息学
• 对抗生素耐药性 (AMR) 的基因组监测
• 一个健康范式.

背景情况:

• 抗微生物药物耐药性 (AMR) 对人类和动物构成重大全球健康风险.
• 肠球菌 (Enterococcus faecium) 和肠球菌 (Enterococcus faecalis) 是共生细菌,越来越多地被认为是机会性人类病原体,AMR正在上升.
• 在"一个健康"的方法下,监测来自动物生产的动物性和共生细菌的抗菌素耐药性至关重要.

研究的目的:

• 开发一个定制的生物信息学管道,以有效地对Enterococcus faecium和Enterococcus faecalis分离物进行基因组特征.
• 支持对动物性和共生细菌抗菌药物耐药性的监测工作.
• 加强在动物生产中针对AMR的缓解策略.

主要方法:

• 开发一个定制的生物信息管道,命名为Enteroflow.
• 集成Nextflow的工作流管理器和域特定语言 (DSL) 以实现可重复性和可扩展性.
• 包括用于短读组装,AMR和病毒性基因检测以及等离子体复制体类型的工具.

主要成果:

• 进入流允许高通量测序 (HTS) 数据的高效分析,用于Enterococcus基因组表征.
• 该管道确保了基因组分析的可复制性和可扩展性,并监控了流程和计算性能.
• 生成结构化和可用的报告,结合各种基因组表征工具的结果.

结论:

• 输入流管道代表了Enterococcus物种基因组表征的重大进展.
• 该工具加强了对动物生产中的抗菌耐药性监测的能力,与"一个健康"战略保持一致.
• 开发的管道支持针对AMR缓解策略的知情决策.