TAILcaller:一种R包,用于分析牛津纳米孔RNA测序的poly(A) 尾巴长度差异
Mateusz Maździarz1, Łukasz Paukszto1, Jakub Sawicki1
1Department of Botany and Evolutionary Ecology, University of Warmia and Mazury in Olsztyn, Olsztyn 10-719, Poland.
Bioinformatics advances
|October 17, 2025
概括
TAILcaller分析了多种类型的尾巴长度,这是基因表达和蛋白质合成的关键调节器. 该工具简化了纳米孔测序数据分析,揭示了对纳米塑料等环境因素的生物反应.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 聚亚基化是一种关键的转录后修饰,控制mRNA稳定性和翻译.
- 了解多尾动力学对于基因调节和细胞功能洞察至关重要.
- 纳米孔测序提供了直接的RNA分析,但需要专门的工具来对多尾部进行量化.
研究的目的:
- 开发TAILcaller,这是一个用户友好的工具,用于从纳米孔测序数据中分析多分子 (A) 尾巴长度.
- 为了使研究人员能够通过多种尾动力学来研究基因调节和生物反应.
- 简化直接RNA测序和cDNA测序数据的分析.
主要方法:
- TAILcaller 直接处理 dorado 生成的 BAM 文件,支持直接的 RNA 和 cDNA 测序读取.
- 该软件消除了复杂脚本和中间数据处理步骤的需要.
- 适应性统计函数用于识别具有差异性多样性A尾长的基因.
主要成果:
- TAILcaller被用来评估对纳米塑料暴露的反应中多样性 (A) 尾巴长度变化.
- 在不同度的纳米塑料中,观察到聚乙烯尾巴长度的显著差异.
- 在水生和陆生环境之间,以及对纳米塑料的反应中,在Riccia fluitans中发现了不同的多元A尾巴长度.
结论:
- TAILcaller有效地识别了多变异的 (A) 尾长的基因,反映了微妙的生物反应.
- 该工具简化了纳米孔测序数据的多尾分析,提高了研究可访问性.
- TAILcaller在环境毒理学和比较转录学研究中证明了它的实用性.
