通过甲固定,冷保存和多重复合来增强单细胞ATAC测序,以便灵活分析
Tobias Hohl1,2, Ulrike Bönisch1, Thomas Manke1,3
1Max-Planck-Institute of Immunobiology and Epigenetics, 79108, Stübeweg 51, Freiburg im Breisgau, Germany.
BMC research notes
|October 20, 2025
概括
使用轻度甲固定和冷保存的新方法允许从存档样本中获得高质量的批量和单细胞ATAC-seq (通过测序测定转化酶可访问的染色体),克服后勤挑战.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 大量和单细胞ATAC-seq需要新鲜分离的细胞,这带来了后勤挑战和增加批量效应.
- 由于需要立即处理样本,协调复杂或纵向研究是很困难的.
研究的目的:
- 从存档样本中开发一个样本保存策略,以从存档样本中获得一致,高质量的染色质可访问性概况.
- 为了克服与ATAC-seq实验中新鲜样本要求相关的局限性.
主要方法:
- 建立了一种工作流程,涉及轻度甲固定,然后冷保存.
- 该协议在使用HepG2细胞的大量和单细胞ATAC-seq中得到了验证.
- 开发了与基于转位酶的样本多重复合的兼容性和计算脱多重复合策略.
主要成果:
- 保存方法保持了与新鲜样本相比的ATAC-seq数据质量.
- 关键数据质量指标,包括信号噪声比和碎片分布,都得到了可靠的保存.
- 计算脱多元化策略准确地将单个细胞分配到它们的原始样本中,解决条码跳转.
结论:
- 这种方法简化了实验物流,并提高了ATAC-seq研究的可重现性.
- 该方法可以从存档样本中进行高质量的染色质可访问性分析,扩大研究范围.
- 该策略对于具有挑战性样本采集物流的临床研究环境尤其有益.


