在完整的蛋白质 (MOFIP) 中使用自上而下的蛋白质组的氧化甲足迹

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 结构生物学 结构生物学
• 生物化学 生化学

背景情况:

• 基于质谱 (MS) 的蛋白质组学,包括-交换MS (HDX-MS) 和基足迹 (HRF),为蛋白质结构和相互作用提供了洞察力.
• 通常在MS中使用的自下而上的蛋白质组学方法将蛋白质消化为,可能会掩盖完整的蛋白质形式的结构信息.
• 现有的足迹技术通常需要蛋白质消化,这限制了完整的蛋白形结构的分析.

研究的目的:

• 开发一种新的自上而下的足迹方法,即完整蛋白质中的甲氧化足迹 (MOFIP),用于检测完整蛋白质形式中的溶剂可访问性.
• 评估MOFIP的可行性,用于分析复杂的生物样本,如大肠杆菌 (E. coli) 溶解物.
• 通过表征氨酸残留物溶剂可访问性来获得完整蛋白质的结构信息.

主要方法:

• 开发了MOFIP,这是一种自上而下的蛋白质组学技术,利用过氧化 (H2O2) 氧化 metionin来评估溶剂可访问性.
• 用H2O2和没有H2O2的化原生蛋白质溶解物来区分溶剂可访问和不可访问的氨酸残留物.
• 使用自上而下的MS分析完整的蛋白质形式,以表征单个 metionin 残留物的氧化状态.

主要成果:

• MOFIP成功地分析了复杂的大肠杆菌溶解酸中完整的蛋白质,特征了69种具有适当氨酸残留物的蛋白质形式.
• 在H2O2处理过程中,溶剂可访问的甲氨酸被完全氧化,而不可访问的甲氨酸在H2O2处理过程中保持无氧化.
• 部分氧化的甲氨酸表明,本地细胞溶解物中存在多种构造,例如结合和自由状态.

结论:

• MOFIP方法有效地确定了复杂的生物样本中的完整蛋白质中氨酸溶剂的可访问性.
• MOFIP为蛋白质形式提供了有价值的结构洞察力,这些洞察力在传统的自下而上的蛋白质组学中具有挑战性.
• 这种自上而下的方法使得在完整的蛋白质形式水平上对氨酸可访问性的高通量分析成为可能,从而推进了结构蛋白质组学.