CNPS.cycle:简化用于生物地化学循环的枪头元基因组数据分析
Zhengfu Yue1,2, Jing Zhang3, Wei Xu1,2
1Key Laboratory of Low-carbon Green Agriculture in Tropical region of China, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Hainan Key Laboratory of Tropical Eco-Circular Agriculture, Environmental and Plant Protection Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Haikou, China.
mSystems
|October 22, 2025
概括
一个新的R包,CNPS.cycle,简化了环境生物地质化学循环的枪头元基因组分析. 它自动识别基因和微生物,帮助土壤生态系统研究.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 计算生物学是一种计算生物学.
- 生物地质化学生物地质化学
背景情况:
- 对生物地质化学循环的炮弹元基因组数据分析是复杂的,资源密集的.
- 现有的方法对许多研究人员来说是个障碍,原因是学习曲线很,计算要求很高.
研究的目的:
- 引入 CNPS.cycle,一个 R 包,旨在简化用于生物地化学过程的枪头元基因组数据解释.
- 为了自动化碳,,和硫循环的分析.
主要方法:
- 在CNPS.cycle包自动化数据预处理,修复和微生物基因的差异分析涉及生物地化学循环.
- 它包括结合层次的微生物分析,β-多样性分析和数据可视化.
- 使用来自KEGG和NCBI NR数据库的注释文件.
主要成果:
- CNPS.cycle揭示了差异丰富的基因和碳,,和硫循环中的关键微生物参与者.
- 提供高质量的表格和图像,用于全面分析和解释.
- 方便了解土壤微生物群落及其在元素循环中的作用.
结论:
- CNPS.cycle显著降低了分析生物地质化学研究复杂元基因组数据的障碍.
- 该套件增强了对土壤生态系统和微生物对元素循环的贡献的理解.
- 为环境科学家和研究人员提供可访问,自动化分析.
