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Updated: Jan 14, 2026
06:17
Analysis of Multidimensional Microscopy Data Using Cell-ACDC
Published on: November 7, 2025
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大型图像数据集的获取,质量控制和架构作为在细胞生物研究中的工具
Nikita Konshin1, Marta Garcia Valverde2, Danila Solodennikov1
1Department of Biomedical Engineering and Institute for Complex Molecular Systems, Eindhoven University of Technology, Eindhoven, the Netherlands.
Materials today. Bio
|October 23, 2025
概括
我们创建了一个大规模的图像数据集和分析管道,以发现细胞物质相互作用. 这种开放的框架使得可重复的研究能够研究微环境如何影响脏的细胞行为.
科学领域:
- 生物材料科学 生物材料科学
- 细胞生物学 细胞生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 了解细胞物质相互作用对于生物材料的开发至关重要.
- 高内容成像产生了大量的数据集,需要标准化分析.
- 脏 podocyte 行为受到微环境线索的影响.
研究的目的:
- 呈现一个大规模的,标准化的图像数据集和分析管道.
- 为了使细胞物质相互作用的 in silico 发现.
- 为脏细胞的高含量成像数据提供一个符合FAIR的框架.
主要方法:
- 利用TopoChip平台在2176个微观地形表面上培养脏细胞.
- 开发了一个自动化工作流程,包括成像,倾斜校正,对象细分和质量控制.
- 产生了超过5500个形态特征,用于超过120万个细胞.
主要成果:
- 在多种微观地形上创建了一个全面的,符合FAIR的脏细胞形态数据集.
- 分析管道处理了120万个细胞,提取了5500个形态特征.
- 通过结构化元数据和标准化架构,确保数据的互操作性和可重复使用性.
结论:
- 数据集和管道作为科学界的基础资源.
- 允许对细胞物质相互作用进行可扩展,定量和可重复的研究.
- 支持机器学习,基准测试和细胞生物学和生物材料科学中的假设测试.
