在真菌质mRNA中N6-甲基氨酸 (m6A) 的流行:最小基因组中的表转录基因调节
Suzi Zhang1, Yuyu Zhang2, Yi Luo3
1State Key Laboratory for Animal Disease Control and Prevention, College of Veterinary Medicine, Lanzhou University, Lanzhou Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou, 730000, China; Gansu Province Research Center for Basic Disciplines of Pathogen Biology, Lanzhou, 730046, China; Key Laboratory of Veterinary Etiological Biology and Key Laboratory of Ruminant Disease Prevention and Control (West), Ministry of Agricultural and Rural Affairs, Lanzhou, 730046, China.
使者RNA N6甲基氨酸 (m6A) 修饰在真菌质中普遍存在,比之前报告的比例更高. 这项研究揭示了m6A在通过RNA-蛋白相互作用调节菌生长和潜在致病性的作用.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 史诗转录组学 史诗转录组学
背景情况:
- 使者RNA N6甲基氨酸 (m6A) 是一个关键的真核生物转录后修饰.
- 它在 prokaryotic mRNA 转录中的作用在很大程度上仍未被探索.
- 之前的研究在 Pseudomonas aeruginosa 和 Escherichia coli 中发现了m6A.
研究的目的:
- 为了调查m6A修饰在真菌质 mRNA中的患病率和特征.
- 识别m6A结合蛋白并了解它们的功能含义.
- 探索m6A在真菌质细胞病原性中的潜在作用.
主要方法:
- 超高压液态色谱与三重四极联质谱学 (UHPLC-QQQ-MS/MS) 结合,以量化m6A/A比率.
- 纳米UMI meRIP-seq用于转录组范围的m6A映射.
- 对蛋白质-RNA相互作用进行RNA拉下测试和微量热泳 (MST).
- AlphaFold3用于蛋白质-RNA相互作用的结构预测.
主要成果:
- 与其他 prokaryotes 和 eukaryotes 相比,mycoplasma mRNA 的 m6A/A 比率显著更高 (0.07-4.56%).
- m6A峰值主要位于蛋白质编码区域,具有独特的"GGAGG"图案.
- 由m6A调节的基因参与了重要的代谢途径和核糖体功能.
- 三种m6A结合蛋白 (Tuf,PrfA,MgtA) 被鉴定为具有与甲基化RNA的高结合亲和力.
- 结构预测揭示了蛋白质和甲基化腺素之间的特定相互作用.
结论:
- 这项研究提供了第一个全面的m6ARNA甲基化在菌中的景观.
- 菌体中的m6A修饰可能通过RNA-蛋白相互作用参与转录后调节.
- 由m6A对菌质mRNA的表皮转录调节可能与致病性有关.
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