DIATAGeR:基于数据独立获取的脂类药物的三糖注释
Victor C L Lee1, Khanh C K Nguyen1, Linglan Zhu2
1Faculty of Pharmaceutical Sciences, University of British Columbia, 2405 Wesbrook Mall, Vancouver, V6T1Z3, BC, Canada.
在数据独立获取 (DIA) 脂管学中,DIATAGeR自动化了三糖醇 (TG) 识别. 这个R包可以提高TG注释的准确性,并在复杂的样本中识别更多的TG物种.
科学领域:
- 利皮多米克 (Lipidomics) 是一种消化剂.
- 生物化学 生化学
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 三糖醇 (TGs) 是重要的储能脂质,但它们的复杂结构阻碍了在脂管学中准确的识别.
- 数据独立获取 (DIA) 提供了全面的脂质分析,但在分析多重并联质谱 (MS2) 进行TG识别方面面临挑战.
研究的目的:
- 开发一个自动化的R包,DIATAGeR,用于在DIA脂管学中在分子物种水平上增强三甘油 (TG) 识别.
- 通过解决MS2光谱分析的复杂性,提高TG注释的准确性和效率.
主要方法:
- DIATAGeR采用以TG为中心的方法,在参考数据库中针对特定的TG.
- 它使用后勤回归机器学习算法来对DIA频谱中的TG标识进行评分.
- 针对虚假发现率 (FDR) 的纠正实施了目标诱策略,以提高识别的信心.
主要成果:
- 在小鼠肝脏和血样本中,DIATAGeR在FDR<0.1时成功注释了所有9个TG标准.
- 与MS-DIAL相比,该包装在肝脏中发现了18%更多的偶碳脂肪基TG,在血中发现了12%更多的脂肪基TG.
- 在对代谢功能障碍相关的脂肪肝炎 (MASH) 和健康对照的研究中验证的表现.
结论:
- DIATAGeR简化了DIA-lipidomics中复杂的TG注释,支持供应商中立的数据格式和可定制的数据库.
- 结合以TG为中心和目标诱方法的结合克服了多重MS2光谱分析中的挑战.
- DIATAGeR是一个有价值的,免费可用的工具,用于推进脂管学研究中的TG识别.
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