使用WHONET和R:现实世界应用和R代码集成监测抗菌素耐药性趋势的六步协议

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 公共卫生 公共卫生
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 抗菌素耐药性 (AMR) 是一个重大的全球健康威胁.
• 由于资源和知识的局限性,现有的抗药性耐药性监测工具未得到充分利用.
• 世卫组织为AMR监测开发了免费软件WHOnet和R.

研究的目的:

• 使用WHOnet和R.提供标准化,可重复的工作流程,用于回顾性AMR趋势分析.
• 为实施AMR监测提供实用,逐步的说明和R代码.
• 用意大利一家医院的现实数据来证明这些工具的实用性.

主要方法:

• 利用WHOnet进行实验室数据和抗菌素敏感性测试 (AST) 结果管理.
• 使用R,一个统计编程语言,用于数据分析和可视化.
• 将WHOnet和R结合起来,建立一个可重复的AMR趋势分析工作流程.

主要成果:

• 通过使用真实世界的数据,展示了可复制的工作流程,用于回顾性AMR趋势分析.
• 提供了用于标准化AMR数据分析的功能R代码.
• 用意大利医院环境中的数据说明了工作流程的应用.

结论:

• 使用WHOnet和R的标准化AMR分析提高了临床医生和公共卫生专业人员的数据可用性.
• 快速获取抗菌耐药性数据支持基于证据的实证抗菌治疗决策.
• 描述的方法方便在不同的医疗保健环境中有效监测和管理AMR.