破译大肠杆菌ESBL/pAmpC等离子体通过高通量第三代测序和混合组装
Andrea Laconi1, Enea Ovedani1, Roberta Tolosi1
1Department of Comparative Biomedicine and Food Science, University of Padua, 35020 Legnaro, Italy.
Pathogens (Basel, Switzerland)
|October 29, 2025
概括
混合测序组件准确地重建携带抗微生物耐药性基因的等离子体. 这种方法改善了移动遗传元素的检测,有助于基因组监测和控制抗菌素耐药性威胁.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 微生物学 微生物学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 扩展光谱β-乳糖酶 (ESBL) 和等离子体介导的AmpC (pAmpC) β-乳糖酶是严重的公共卫生威胁.
- 这些抗性基因的传播通常由移动遗传元素 (MGE) 介导.
- 测序限制可能会阻碍等离子体的识别和表征.
研究的目的:
- 评估混合组件对表征ESBL/pAmpC产生E.的有效性. 大肠杆菌的塑体.
- 为了比较短读,长读和混合组装方法的性能.
- 评估使用不同的组装方法检测抗微生物耐药性基因 (ARG) 和MGE的检测.
主要方法:
- 测序八个ESBL/pAmpC产生的E. 使用Illumina (短读) 和Oxford Nanopore MinION (长读) 的大肠杆菌分离物.
- 单个短读,长读和混合组件的生成.
- 等离子体类型,注释和查ARG,MGE和毒性因子.
主要成果:
- 短读组件非常分散;长读组件改善了连续性,但有打字错误.
- 混合组件产生了最准确,最完整,最循环的等离子体.
- 混合和长读组合检测到MGE (例如,IS26) 和病毒性基因,短读遗漏.
- 结构分辨率和阻力位点的上下文化在混合组件中优越.
结论:
- 混合组装有效地整合了短读和长读测序强度,以实现精确的等离子体重建.
- 这种方法提高了与耐药性相关的MGE和毒性因子的检测.
- 混合组装可以改善ESBL/pAmpC等离子体的基因组监测,以减轻抗菌耐药性.
关键词:
抗菌药物反症 (AMR) 是一种这就是ESBL.这就是Illumina Illumina.部委会 部委会是一个小组.混合组件组件组合混合组件组合组合组合组合组合组合组合组合组合组合组合组合组合组插入序列的插入序列.pAmpCC 的时间.塑体 塑体 塑体 是一种塑体.更多相关视频
12:08Hybrid De Novo Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies
Published on: August 20, 2021
5.7K
09:44Characterization of a Pathogenic Escherichia coli Strain Derived from Oreochromis spp. Farms Using Whole-Genome Sequencing
Published on: December 23, 2022
2.8K
