在肉牛中,使用宿主基因组和小甲基因组数据预测料摄入量和体重增加的准确性
Andrew Lakamp1, Seidu Adams1, Larry Kuehn2
1Department of Animal Sciences, University of Nebraska-Lincoln, Lincoln, NE, 68583, USA.
Genetics, selection, evolution : GSE
|October 31, 2025
概括
牛肉牛的料效率可以使用宿主基因组和小牛骨元基因组数据来预测. 将基因组和元基因组信息结合起来,可以对诸如平均每日增长等特征进行最准确的预测.
科学领域:
- 动物基因组学 动物基因组学
- 微生物组研究 微生物组研究
- 量化遗传学 量化遗传学
背景情况:
- 宿主基因组和乳头元基因组数据对于预测肉牛的料效率是有价值的.
- 了解这些因素有助于管理决策,提高利能力.
- 本研究侧重于肉牛的料效率特征,特别是平均每日干物质摄入量和平均每日取量.
研究的目的:
- 估计子转基因组解释的料效率特征变化的比例.
- 使用基因组数据,元基因组数据或两者的组合来评估预测准确性.
- 探索模拟骨元基因组的方法,以提高表型预测的准确性.
主要方法:
- 分析了四种不同饮食的717头肉牛的数据.
- 利用了 749,922 个宿主基因型的归因序列变异和 16,583 个元基因组数据的开放阅读框架.
- 采用了19个混合线性模型,包括基因组,元基因组或组合效应,并测试了六种不同的 (协同) 差异矩阵建模方法.
主要成果:
- 将基因组和元基因组数据结合起来,比单独使用任何数据源都更高的预测准确度.
- 现型预测准确度在 -0.01 到 0.28 之间,没有一个单一的建模方法始终优于其他方法.
- 在每种饮食组合中缩放乳头元基因组 (协同变异矩阵) 通常会导致更低的预测准确度.
结论:
- 乳头转基因组显著导致肉牛料效率观察到的变化.
- 宿主基因组和乳头元基因组都可以独立预测料效率特征.
- 将基因组和元基因组数据整合在一起,可以为肉牛的料效率特征提供最准确的预测.
