对鱼类eDNA元条码与COI条码的分类分辨率进行比较

科学领域:

• 环境DNA (eDNA) 的元编码.
• 分子生态学分子生态学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 电子DNA元编码正在改变生物监测,但在关键步骤中缺乏标准化.
• 数据库错误和未定义的分类分辨率阻碍了研究的准确性.
• 在元标码选择,集群和值中的任意选择引入了偏差.

研究的目的:

• 开发一个强大的框架来评估actinopterygian鱼的metabarcode性能.
• 将22个元标码与标准化分类学基线 (COI BINs) 进行比较.
• 量化和最大限度地减少生物多样性估计中的过分分割和过度合并错误.

主要方法:

• 使用一个框架,比较来自Actinopterygians的22个线粒基因组元条码.
• 采用使用COI条形码索引号 (BINs) 的标准化分类学基线.
• 在不同的集群方法和值中量化过分分割和过度合并的错误.

主要成果:

• 聚类门是影响生物多样性估计的最关键因素.
• 超标码显示对合并/分割错误的敏感性不同;建议设置最佳值.
• 分类学分辨率因基因,序列和社区多样性而异,独立于元标码长度.

结论:

• 选择适当的元标码和集群值对于最小化错误至关重要.
• 这项研究为划分分类学级别 (metabarcoding gaps) 提供了最佳的值.
• 开发的R函数使得这个评估框架可以很容易地应用于其他类型.