PRIME: 16S rRNA微生物组数据的数据库,具有表型参考和全面的元数据.
Zhizhuo Zhang1, Hongyu Zhao2,3, Tao Wang1,2,4,5
1Department of Bioinformatics and Biostatistics, School of Life Sciences and Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai 200240, China.
Nucleic acids research
|October 31, 2025
概括
综合微生物组丰富的表型参考 (PRIME) 数据库标准化了来自超过53,000个样本的人类微生物组16SrRNA数据. 这使得研究人员能够进行强大的,以表型为驱动的发现和交叉研究分析.
科学领域:
- 微生物组研究 微生物组研究
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组数据分析 基因组数据分析
背景情况:
- 人类微生物组研究产生了大量的16S rRNA amplicon测序数据.
- 在研究中缺乏标准化,阻碍了数据整合,可复制性和比较分析.
- 由表型驱动的发现需要协调的元数据和一致的分类学概况.
研究的目的:
- 创建一个全面的,精心策划的,和标准化的数据库的人类微生物组16SrRNA amplicon测序数据.
- 为了促进交叉研究分析,提高可再生性,并使以表型驱动的微生物组研究成为可能.
- 为交互式探索和对协调微生物组数据的程序性访问提供一个平台.
主要方法:
- 从111项公共研究中收集了53,449个样本,涵盖93个身体部位和101个表型类别.
- 标准化样本级元数据,包括疾病状况,人口统计,身体部位和通过手动策划进行实验设计.
- 使用与SILVA和Greengenes2参考数据库一致的管道生成分类学丰度资料,报告观察到的和相对丰度.
主要成果:
- 开发了PRIME数据库,将各种人类微生物群数据集与协调的元数据集集成在一起.
- 通过使用标准化管道和参考数据库,在所有研究中实现了一致的分类学概况.
- 为交互式数据探索,过,可视化和下载提供了一个Web界面和API.
结论:
- 通过提供标准化,精心策划的资源,PRIME显著推进了微生物组数据集成.
- 该数据库支持基于表型的强大比较,并促进可再生微生物组研究.
- PRIME不断更新和免费提供,促进更广泛的可访问性和人类微生物组研究的未来发现.


