对于冷保存的细胞和组织样本的微尺度细胞表面蛋白质学.
John R Thorup1, Sarah A Johnston2, Moe Haines1
1Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts, USA.
Molecular & cellular proteomics : MCP
|November 1, 2025
概括
优化的表面蛋白质分析方法通过从低输入和冷保存样本进行强大的细胞表面蛋白质分析来改善诊断和治疗. 这些技术增强了用于患者分层的生物标志物发现.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 细胞生物学 细胞生物学
- 生物标志物发现发现
背景情况:
- 细胞表面蛋白 (CSP) 对细胞功能和治疗点至关重要.
- 由于技术限制,从有限的或冷保存的临床样本分析CSP具有挑战性.
- 现有的蛋白质组工作流与这种样品的膜完整性,标签效率和高背景作斗争.
研究的目的:
- 优化和比较两个互补的表面丰富策略,用于低输入和冷保存样品.
- 为了评估N-glycopeptide捕获和小麦芽聚氨酸-马过氧化酶近距离标签的性能.
- 为了在翻译研究环境中实现强大的表面性质表征.
主要方法:
- 基于氧化N-糖的捕获和WGA-HRP近距离标签的系统比较.
- 在各种输入量中使用固体瘤 (A549) 和血液癌症 (KMS-12-BM) 细胞系进行基准测试.
- 对组织衍生样本 (健康子宫内膜) 的酶解离协议的优化.
主要成果:
- 在低输入场景中,N-glycopeptide方法显示出优异的特异性;WGA-HRP捕获了互补的CSP.
- 总共识别了700多个CSP,每个方法有约175个独特的标识.
- 两种工作流都显示出高可重现性 (皮尔森相关性>0.9) 并检测出EGFR内部化.
- 从冷保存的酶分离子宫内膜 (<200万个细胞) 中成功进行CSP分析.
结论:
- 优化的表面丰富策略从具有挑战性的临床样本中提供了强大的CSP概况.
- 这些经过验证的工作流程有助于在翻译环境中发现生物标志物和患者分层.
- 该研究克服了面积组分析样本数量和保存的局限性.
关键词:
在N-glycoproteome中,它们具有N-glycoproteome的作用.细胞表面蛋白质组学细胞表面蛋白质组学质谱测量质谱测量质谱测量质谱测量质量测量质谱测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量蛋白质组学 蛋白质组学表面ome 表面ome 表面ome更多相关视频
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