一个高质量的染色体层次的基因组组合草木竹种Lithachne pauciflora
Ke-Cheng Qian1,2, Jun-Feng Liu1,2, Yang Yang1
1Germplasm Bank of Wild Species & Yunnan Key Laboratory of Crop Wild Relatives Omics, Kunming Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences, Kunming, Yunnan, 650201, China.
Scientific data
|November 3, 2025
概括
我们为Lithachne pauciflora提供了第一个高质量的基因组组,这是一种独特的草本竹. 此资源有助于研究竹物种的关键特征和染色体进化.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 植物生物学 植物生物学
- 进化生物学 进化生物学
背景情况:
- 利塔克尼 (Lithachne pauciflora) 是一种草本竹,具有明显的特征,如矮身和双形花朵.
- 这些特征使它成为研究竹子特征演变的有价值模型.
研究的目的:
- 为了组装一个高质量的,染色体水平的基因组Lithachne pauciflora.
- 为了解竹子进化提供基因组资源.
主要方法:
- 整合了PacBio HiFi长读,短读和Hi-C技术.
- 染色体层次的基因组组装和注释.
主要成果:
- 一个1.7Gb的基因组组装与一个支架N50的147.73Mb.
- 99.3%的序列固定在11个伪染色体上.
- 32,696个蛋白质编码基因的注释,具有94.8%的功能注释.
结论:
- 利塔克尼 pauciflora基因组组合提供了关于染色体进化的见解.
- 这种资源对于研究草生竹的关键特征演变至关重要.
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