通过转录组学预测代谢偏好:一种数据驱动的方法,以将代谢特征与基因表达特征对齐
Lente J S Lerink1,2, Marleen J de Winter1, Jaap A Bakker3
1Department of Surgery & Transplant Centre, Leiden University Medical Centre, Albinusdreef 2, 2333 ZA, Leiden, the Netherlands.
Biochemistry and biophysics reports
|November 5, 2025
概括
哺乳动物在器官中的代谢特征并不直接与基因表达保持一致. 了解这些复杂的代谢模式对于改善ex vivo模型系统及其可翻译性至关重要.
科学领域:
- 生理学 生理学 生理学
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 系统生物学 系统生物学
背景情况:
- 复杂的生物体拥有复杂的代谢网络来满足能源需求.
- 外体模型系统缺乏整合的器官代谢交换,需要外部基质管理.
- 无法满足ex vivo代谢需求限制了模型的可翻译性.
研究的目的:
- 在ex vivo系统中识别易于测量的代谢替代标记物.
- 评估特定器官的代谢物消耗/生产模式是否与基因表达一致.
- 改善对组织和细胞代谢的支持和评估ex vivo.
主要方法:
- 研究了特定器官的代谢物消耗和生产模式 (代谢特征).
- 利用现有的动脉静脉流量数据.
- 将代谢特征与特定器官的代谢基因表达模式进行比较.
主要成果:
- 不同的组织表现出不同的代谢物消耗和生产模式.
- 这些代谢特征与已知的代谢基因表达没有直接相关.
- 这些发现凸显了哺乳动物新陈代谢的复杂性.
结论:
- 目前的代谢基因表达不能完全预测ex vivo代谢特征.
- 需要进一步的研究来了解哺乳动物代谢网络的复杂性.
- 更好的理解对于开发更可翻译的ex vivo模型至关重要.


