抑制/竞争PCR:一种新的方法,在metabarcoding中最大限度地减少不需要的amplicons,并用于便样本中的寄生虫检测
Justin Mark Carpani1, John R Barta2, Rebecca A Guy1
1National Microbiology Laboratory, Public Health Agency of Canada, 110 Stone Road West, Guelph, ON N1G 3W4, Canada; Department of Pathobiology, University of Guelph, Guelph, ON, N1G 2W1, Canada.
Journal of microbiological methods
|November 5, 2025
概括
一种新的18S rRNA基因元编码试验改善了便样本中的寄生虫检测. 抑制/竞争PCR通过减少真菌和植物DNA进一步提高了特异性,从而能够准确识别各种寄生虫物种.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 分子诊断学 分子诊断学
- 寄生虫学的寄生虫学
背景情况:
- 在便样本中识别微生物时,元编码至关重要.
- 非目标DNA的共同放大,特别是细菌和古生物的共同放大,往往限制了测试有效性和分类分辨率.
- 现有的方法在某些样本中与丰富的真菌和植物DNA作斗争,掩盖低丰度的寄生虫信号.
研究的目的:
- 开发一种新的18S rRNA基因元编码试验,以使用长读纳米孔测序来增强分类学分辨率.
- 优化原料以最大限度地检测寄生虫并最大限度地减少目标外放大.
- 开发抑制/竞争PCR来减少像真菌和植物这样的主导非目标DNA的放大.
主要方法:
- 一种新的18S rRNA基因元编码试验被设计用于几乎完全的基因放大.
- 初级优化专注于寄生虫种群检测,同时抑制细菌和古生物序列.
- 抑制/竞争PCR是为了选择性地减少真菌和植物DNA的放大而开发的.
主要成果:
- 18S元编码试验在有寄生虫的临床便样本上显示出有效性.
- 对类便样本的分析显示了大量的真菌和植物序列,阻碍了寄生虫的检测.
- 抑制/竞争PCR减少了真菌和植物的读数超过99%,增加了其他类别的读数从36%增加到98%以上.
结论:
- 开发的18S元编码试验,特别是抑制/竞争PCR,显著改善了便样本中真核寄生虫的检测.
- 这种方法扩大了metabarcoding的适用性,用于在各种宿主物种中识别关键的寄生物种.
- 优化的试验能够准确识别临床相关的寄生虫,如Cryptosporidium,Cyclospora和各种虫.
