通过单细胞多基因组分析,探讨肝癌的亚克隆异质性
Liwen Zhang1, Dandan Hu2,3, Xing Peng4
1School of Life Sciences, Westlake University, No. 600 Dunyu Road, Hangzhou, 310030, Zhejiang, China.
Scientific reports
|November 7, 2025
概括
多结节性肝细胞癌 (HCC) 呈现出比单结节型更大的异质性. DNA甲基化模式,而不是基因表达,更好地跟踪瘤进化,确定GADD45A和SNHG6作为潜在的低甲基化驱动因素.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 免疫学 免疫学 免疫学
背景情况:
- 肝细胞癌 (HCC) 往往呈现多节形态,以多克隆起源和显著异质性为特征.
- 了解HCC多层异质性对于开发有效的治疗策略至关重要.
研究的目的:
- 通过单细胞多组学和多区域采样,探索肝细胞癌 (HCC) 的多层异质性.
- 为了比较共流多结节 (CMN) 和单结节 (SN) HCC 样本之间的免疫景观和转录组异质性.
- 调查DNA甲基化模式,并确定HCC中低甲基化的潜在驱动因素.
主要方法:
- 用单细胞多组组测序来分析瘤异质性.
- 使用多区域采样来捕捉瘤内的空间变化.
- 对不同的瘤点进行了差异化DNA甲基化分析.
- 用基因表达分析和计算预测来识别潜在的驱动基因.
主要成果:
- 与单结节 (SN) 样本相比,流动多结节 (CMN) HCC样本显示出更异质的免疫景观,增加了转录组异质性和复杂的免疫相互作用.
- 在肝癌患者的一个子集中,在不同的瘤焦点中确定了不同的DNA甲基化模式.
- 全球DNA低甲基化主要观察到癌细胞内的部分甲基化域.
- 预测并验证了GADD45A和SNHG6作为DNA低甲基化的潜在驱动因素.
- 对于重建瘤进化轨迹,DNA甲基化距离被证明是一个比基因表达距离更强大的指标.
结论:
- 多结节性HCC表现出显著的免疫和转录组异质性,超过单结节性HCC.
- 潜在由GADD45A和SNHG6等基因驱动的DNA低甲基化,是肝癌进化的关键特征.
- 与基因表达特征相比,DNA甲基化模式为追踪肝癌的进化史提供了更可靠的方法.


