为检测SARS-CoV-2 Omicron S371L突变而建立基于锁探针的光定量PCR方法
Yangqing Zhong1,2, Luxin Yu1,2, Yanzhen Lin1,2
1Department of Clinical Laboratory, The First Dongguan Affiliated Hospital, School of Medical Technology, Guangdong Medical University, Dongguan, 523710, China.
Journal of fluorescence
|November 8, 2025
概括
使用挂锁探针和定量PCR (qPCR) 的新方法可以快速准确地检测SARS-CoV-2 Omicron S371L突变. 这种简化测试绕过了RNA步骤,为广泛的变种查提供了潜在的可能性.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 病毒学 病毒学
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 准确检测SARS-CoV-2变种对于公共卫生监测至关重要.
- 欧米克朗变种具有特定的突变,例如尖端蛋白中的S371L,需要有针对性的检测方法.
- 现有的方法可能很复杂,或者缺乏快速查变种所需的速度.
研究的目的:
- 开发和验证SARS-CoV-2 Omicron S371L突变的新型检测方法.
- 将挂锁探头技术与光定量PCR (qPCR) 结合起来,以提高特异性和速度.
- 建立一种适用于临床应用和大规模变异查的测试方法.
主要方法:
- 吊锁探头和启动器的设计是针对Omicron S371L突变部位的.
- 探针的结合酶介导循环化只发生在目标序列中.
- 循环化探针作为qPCR放大模板,绕过反向转录.
- 测试参数得到了优化,并评估了分析灵敏度,特异性和恢复.
- 临床验证使用30个样本进行,与桑格测序进行比较.
主要成果:
- 确定了最佳条件:10 nM的探针,0.2 U/μL的结合酶,65°C的30分钟的结合.
- 实现了5.78 fM的检测极限,具有强的线性 (R2 = 0.9669).
- 证明了高特异性,区分突变物与不匹配的序列.
- 在各种样本类型中,恢复率在89.7%至108.0%之间.
- 临床验证显示100%与桑格测序一致 (100%正负预测值).
结论:
- 成功建立了一种基于挂锁探针的新,快速和可靠的qPCR试验,用于检测Omicron S371L突变.
- 测试的简化工作流程,省略了反向转录步骤,提高了可用性,而不会影响准确性.
- 该方法的高性能和适合临床应用使其在查新出现的SARS-CoV-2变种方面具有价值.
