针对药物发现平台的强大,准确和可通用的基准测试策略
Melissa Van Norden1, William Mangione1, Zackary Falls1
1Department of Biomedical Informatics, Jacobs School of Medicine and Biomedical Sciences, University at Buffalo, Buffalo, NY 14203, United States.
Bioinformatics (Oxford, England)
|November 8, 2025
概括
对新药机会计算分析 (CANDO) 平台的修订基准测试协议改善了药物发现性能. 更新的方法与以前的协议有中等的相关性,使用治疗目标数据库获得更好的结果.
科学领域:
- 计算机化药物发现.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 药理学 药理学是指药理学的学科.
背景情况:
- 基准测试对于推进药物发现平台至关重要.
- 新药机会的计算分析 (CANDO) 平台的基准测试协议进行了修订.
- 与最佳实践的结合提高了平台评估.
研究的目的:
- 改进和验证CANDO药物发现平台的基准测试协议.
- 评估修订后的协议对CANDO业绩的影响.
- 用不同的药物指示数据库来比较CANDO的疗效.
主要方法:
- 修订了CANDO平台的基准测试协议.
- 利用了来自比较毒基因组学数据库 (CTD) 和治疗点数据库 (TTD) 的药物指示映射.
- 根据药物排名,指示药物协会计数和化学相似性来评估性能.
主要成果:
- CANDO成功地将已知药物排在特定疾病的前10名 (CTD为7.4%,TTD为12.1%).
- 性能与每种适应症药物数量有正相关性,与化学相似性有中等相关性.
- 修订后的方案与原始方法有适度的相关性,TTD比CTD更好的结果.
结论:
- 更新的CANDO基准测试协议与最佳实践保持一致,并加强绩效评估.
- 选择药物指示数据库 (TTD与CTD) 影响平台性能.
- 修订后的协议提供了对药物发现能力的更强有力的评估.
