RCSB蛋白质数据库:与实验结构和计算结构模型一起提供整合性结构
Brinda Vallat1,2, Yana Rose3, Dennis W Piehl1
1Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank and the Institute for Quantitative Biomedicine, Rutgers, The State University of New Jersey, Piscataway, NJ 08854, United States.
蛋白质数据库现在将整合/混合方法 (IHM) 结构与实验数据一起归档. RCSB.org增强了对这些和计算结构模型的访问,以实现更广泛的科学发现.
科学领域:
- 结构生物学 结构生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 蛋白质数据库 (PDB) 存档经过实验确定的大分子结构.
- 全球蛋白质数据银行 (wwwPDB) 管理PDB,RCSB PDB作为美国数据中心.
- RCSB.org提供了超过24万个实验结构和超过100万个计算结构模型 (CSM) 的访问权限.
研究的目的:
- 描述PDB-IHM系统的集成,用于存档集成/混合方法 (IHM) 结构.
- 详细说明PDB-IHM与PDB的统一,以便在单一方法的实验结构旁边进行存档.
- 突出RCSB.org在访问和分析各种结构数据方面的扩展能力.
主要方法:
- 由wwPDB联盟开发的PDB-IHM系统.
- 将PDB-IHM数据与PDB的主要档案统一.
- 加强RCSB.org以支持整合性结构,实验结构和CSM.
主要成果:
- 通过结合多种实验和计算技术来确定的整合结构现在被归档在PDB中.
- RCSB.org促进了对这些整合性结构的简化访问.
- 扩展了RCSB.org功能,可以发现,分析和可视化集成的结构数据.
结论:
- 将PDB-IHM与PDB统一,提高了结构数据的全面性.
- 现在,RCSB.org提供了一个统一的平台,可以访问各种宏分子结构数据.
- 这些进展促进了结构生物学中的更广泛的科学探索和发现.
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