极简的转录基因签名允许准确预测COVID-19死亡率的早期预测

科学领域:

• 传染性疾病 传染性疾病
• 基因组学就是基因组学.
• 生物标志物 生物标志物

背景情况:

• 对COVID-19的准确预后分析对于临床管理至关重要.
• 识别早期的转录组签名可以预测严重的结果.
• 现有的方法缺乏及时干预所需的精度.

研究的目的:

• 识别和验证用于预测COVID-19死亡率的节转录组签名.
• 开发可访问的预后工具,以指导临床决策.
• 评估这些签名在不同患者队列中的表现.

主要方法:

• 894名COVID-19患者的前性多中心研究 (COVID-19队列中的免疫类型鉴定评估 - IMPACC).
• 周围血液单核细胞 (PBMC) 的RNA测序和鼻片在入院后48小时内.
• 使用基因表达,年龄和SARS-CoV-2病毒载量来预测28天死亡率的预后分类器的开发和验证.

主要成果:

• 一个3基因的外周血液分类器 (CD83,ATP1B2,DAAM2) 结合年龄和病毒载量,实现了0.88的AUC来预测死亡率.
• 一种3基因的鼻分类器 (SLC5A5,CD200R1,FCER1A) 的AUC值为0.74.
• 基因OLAH在血液 (AUC 0.86) 和鼻 (AUC 0.78) 中都显示出强大的预测价值.
• 分类器在一个独立的队列中保持了表现,包括接种疫苗的个人.

结论:

• 低成本的基于血液和鼻腔的转录组分类器准确预测COVID-19死亡率.
• 这些分类器显示出作为患者分拣和资源分配的可访问的预后工具的潜力.
• 需要进一步的研究,以在临床实践中实施这些签名,用于早期治疗干预.