在西班牙巴塞罗那 (2020-2024) 通过废水和临床监测揭示肠道病毒多样性
David Garcia-Pedemonte1, Albert Carcereny1, Cristina Andrés2
1Enteric Virus Laboratory, Department of Genetics, Microbiology and Statistics, School of Biology, Research Institute of Nutrition and Food Safety (INSA-UB), University of Barcelona, Barcelona, Spain.
废水监测补充了临床数据,揭示了更广泛的肠道病毒 (EV),提供了早期检测公共卫生威胁. 这种方法揭示了隐藏的病毒多样性,并更全面地跟踪了EV循环.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 公共卫生 公共卫生
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 肠道病毒 (EV) 感染很常见,临床监测低估了它们的全谱.
- 基于废水的流行病学 (WBE) 为病毒多样性和潜在的早期预警提供了更广泛的观点.
- 了解EV循环至关重要,特别是在SARS-CoV-2大流行期间和之后.
研究的目的:
- 将废水采样与临床报告相结合,以便在五年内进行全面的EV监测.
- 评估WBE作为EV爆发早期预警工具的实用性.
- 在废水和临床样本中检测到的EV的多样性和遗传关系的特征.
主要方法:
- 每两周一次的废水采样和RT-qPCR用于EV量化.
- 从废水和临床标本中对EVs进行部分VP1测序.
- 对WBE和临床监测数据的比较分析.
主要成果:
- 废水电动汽车负载通常与临床病例趋势相关,但在2022年例外.
- 深度测序在废水中发现了122种不同的EV类型,而在临床样本中只有92种.
- 仅在废水中检测到56种EV类型,突出显示其在揭示隐藏多样性的作用.
结论:
- 将WBE与临床监测相结合,可以更全面地了解EV循环.
- WBE增强了病毒多样性的检测,并可以作为公共卫生威胁的早期预警系统.
- 随着时间的推移,电动汽车的动态发生了变化,这凸显了持续多源监控的必要性.
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