图书馆准备用于全基因组DNA甲基化剖析的图书馆准备
Fei-Man Hsu1, Matteo Pellegrini1, Pao-Yang Chen2
1Department of Molecular, Cell and Developmental Biology, University of California Los Angeles, CA, USA.
Bio-protocol
|November 12, 2025
概括
这项研究提出了一种具有成本效益的,可定制的全基因组二硫酸盐测序 (WGBS) 库准备协议. 这种方法可以在没有商业套件的情况下进行高分辨率的DNA甲基化分析,支持可扩展的表观基因组研究.
科学领域:
- 表观遗传学和分子生物学
- 基因组学和生物信息学
背景情况:
- 基因甲基化是调节基因表达,发育和基因组稳定的关键表观遗传修饰.
- 全基因组双硫酸盐测序 (WGBS) 是一种标准的表观基因组技术,用于在单基分辨率下绘制DNA甲基化图.
研究的目的:
- 为从基因组DNA构建WGBS图书馆提供详细,逐步的协议.
- 为商业WGBS图书馆准备套件提供灵活,具有成本效益和可扩展的替代方案.
主要方法:
- 该协议涉及RNaseA处理,DNA剪切,末端修复和A尾,适配器结合,二硫酸盐转换,库放大和量化.
- 它使用自我准备的试剂和可定制的索引系统来实现灵活的多重复合.
主要成果:
- 开发的工作流程能够在单基分辨率下进行高分辨率,公正的DNA甲基化分析.
- 该方法在成本效益和可扩展性方面得到了优化,适用于高吞吐量样本处理.
结论:
- 该协议为WGBS图书馆准备提供了一个全面而适应性的工作流程,适合各种物种和实验设计.
- 试剂制备和索引的灵活性支持各种研究应用的成本效益高,可扩展的甲基形状分析.
