,,和的比较基因组学:细胞基因组中的Codon使用偏差及其对进化和基因工程的影响
Tian Tian1,2,3,4, Yinxia Zhang1,2,3,4, Wenhua Du1,2,3,4
1College of Grassland Science, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070, China.
在Triticum,Secale和triticale中,质细胞密码使用偏差揭示了母体的基因组和选择. 它们是三角质的.
科学领域:
- 植物分子生物学 植物分子生物学
- 进化遗传学的进化遗传学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 叶绿体编码子使用偏差 (CUB) 反映了母体的基因结构和选择强度.
- 了解合成谷物中的CUB × Triticosecale及其父母对于塑体工程和进化研究至关重要.
- 近期的多多化在三角中需要对其CUB进行表征.
研究的目的:
- 在 × Triticosecale 和其父物种 (Triticum和Secale) 中描述质细胞密码子使用偏差.
- 为了研究这些谷物中塑造CUB的进化力量.
- 为质细胞转化和选择放松研究提供参考.
主要方法:
- 下载了五种类型的完整塑体序列:Triticum monococcum,T. 图尔吉 (turgidum) 是一种的植物. 一种是aestivum,一种是Secale cereale,一种是 × Triticosecale sp.
- 提取的蛋白质编码基因用于计算CUB指标,包括GC含量,SCUO,RSCU,ENC-GC3s,中性和PR2图.
- 根据RSCU和△RSCU值定义的最佳编码子.
主要成果:
- 叶绿体基因组表现出较低的GC含量,在第三个编码子位置偏爱A/U.
- SCUO值表明,在物种之间没有显著的编号使用偏差.
- RSCU分析和其他指标表明,代的使用主要受到自然选择的影响,而不是突变.
- RSCU聚类支持Triticum物种和triticale的母系系.
- 最佳的编码子是以A/U结尾,因此所有研究物种的塑转化表都相同.
- 特里蒂卡尔的CUB与它的小麦母性祖先是不可分的,是选择驱动的.
结论:
- 自然选择是塑造这些谷物中 хлоропласт码子使用的主要力量.
- 特里蒂卡尔的塑体CUB反映了它的母系血统,尽管它的混合起源.
- 鉴定到的最佳编码子是质细胞基因工程和合成谷物进化分析的宝贵资源.
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