对称二度结构和CutR的连接体识别,这是Mycobacterium sp. 的LysR型转录调节剂. 菌株JC1 一种
Hyo Je Cho1, Ka Young Lee2, Hyun-Shik Lee2
1Department of Biochemistry, Chungbuk National University, Cheongju 28644, Republic of Korea.
菌根菌使用一氧化碳脱酶 (CO-DH) 来获得能量. 调节器CutR独特地形成了一个稳定的二聚体,结合DNA以控制菌根菌中的CO-DH基因表达.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 结构生物学 结构生物学
- 基因规则 基因规则
背景情况:
- 菌根菌利用一氧化碳脱酶 (CO-DH) 来获得能量和逃避宿主防御.
- CO-DH 基因表达是由CutR 控制的,这是一个LysR类型的转录调节器 (LTTR).
- CutR具有独特的特征,表明它具有二次,而不是四次的功能.
研究的目的:
- 为了研究菌株LTTR的独特的二维结构和DNA结合机制,CutR.
- 阐明CutR对CO-DH基因表达的调节的结构基础.
- 了解这种调节系统在菌根菌中的进化保护.
主要方法:
- 尺寸排除色谱用于评估CutR寡合化.
- 电泳运动转移试验 (EMSA) 来研究CutR-DNA相互作用.
- 进行X射线晶体学以确定CutR.的高分辨率结构.
- 进行比较基因组分析以评估序列保存.
主要成果:
- CutR形成了一个稳定的同位素,通过大小排除色谱证实了这一点.
- 狄米里克切割R特异地与CO-DH基因 (切割B) 上游的IR1序列结合.
- 晶体结构显示出一个独特的对称二维LTTR,具有保存的联结域和潜在的联结位点.
- 糖醇结合会诱导局部形状变化,这表明DNA结合亲和度调节的机制.
结论:
- CutR作为一个独特的对称二元体而起作用,与典型的LTTR不同.
- 在Mycobacterium物种中,二度结构和特定的DNA结合是保留的.
- 这项研究为LTTR多样性和菌根菌中CO代谢调节提供了新的见解.
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