ScRDAVis:一个R闪亮的应用程序,用于单细胞转录组数据分析和可视化
Sankarasubramanian Jagadesan1, Chittibabu Guda1,2
1Department of Genetics, Cell Biology and Anatomy, University of Nebraska Medical Center, Omaha, Nebraska, United States of America.
PLoS computational biology
|November 13, 2025
概括
ScRDAVis是一个新的R Shiny应用程序,简化了单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 数据分析的生物学家. 这种用户友好的工具提供了高级功能,不需要编程知识,民主化了scRNA-seq数据探索.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 提供了对细胞异质性的深入洞察.
- 数据处理的复杂性和编程要求给使用scRNA-seq数据的生物学家带来了障碍.
研究的目的:
- 开发一个可访问,交互,基于浏览器的R Shiny应用程序,用于scRNA-seq数据分析.
- 授权没有编程专业知识的生物学家进行全面的scRNA-seq分析.
主要方法:
- 开发了ScrDAVis,这是一个R Shiny应用程序,集成Seurat,CellChat,Monocle3,clusterProfiler和hdWGCNA.
- 实现了用户友好的界面,用于单样,多样和基于组的分析.
- 包括用于标记物发现,细胞类型注释,子集群,细胞-细胞通信,轨迹推断,途径丰富,WGCNA和TF监管网络分析的功能.
主要成果:
- ScRDAVis提供了一个基于GUI的平台,用于scRNA-seq分析,包括新的hdWGCNA集成.
- 该应用程序支持高级功能研究和准备发布的可视化.
- 为进一步研究提供各种格式的数据下载选项.
结论:
- ScRDAVis通过提供直观的图形用户界面来使scRNA-seq数据分析民主化.
- 使研究人员能够从复杂的scRNA-seq数据集中提取有意义的生物学见解.
- 便于进行高级分析,如同表达和TF监管网络分析,无需编码.
