基于质谱的抗体测序的系统基准测试揭示了方法上的偏差

科学领域:

• 免疫学 免疫学 免疫学
• 生物技术是生物技术.
• 分析化学 分析化学

背景情况:

• 循环抗体 (Ab) 库对免疫保护至关重要,并具有重要的生物技术应用.
• 基于质谱 (MS) 的抗体列表测序 (Ab-seq) 是分析 Ab 序列多样性的关键方法,但需要进行彻底的基准测试.

研究的目的:

• 量化Ab-seq. 的可复制性和稳定性.
• 确定影响Ab-seq精度的因素,包括Ab序列,度,蛋白酶,背景免疫球蛋白G (IgG) 和生物信息学方法.

主要方法:

• 使用了六个单克隆Ab尖端在70种度和寡克隆性组合中,有或没有多克隆IgG.
• 进行了3360次液体染色学-并列MS (LC-MS/MS) 运行,其中包括四次蛋白酶处理和多次实验/技术复制.
• 评估了各种参数和生物信息学工具对Ab识别的影响.

主要成果:

• 通过整合来自实验复制物,蛋白酶和生物信息学工具的数据来增强Ab识别.
• 在较高的Ab度下,de novo测序的性能与依赖数据库的方法相比较.
• 在新的AB重建中仍然存在挑战.

结论:

• 这种全面的基准测试为基于MS的Ab分析提供了基础资源.
• 通过考虑序列,度,蛋白酶,背景和生物信息学来优化Ab-seq协议对于准确的Ab谱分析至关重要.