scFFPE-ATAC可实现高通量单细胞染色质可访问性概况在甲固定嵌入的样本中

科学领域:

• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 在临床和研究应用中,固定在甲中的嵌入式抛 (FFPE) 组织至关重要.
• 现有的单细胞染色质可访问性测试在FFPE样本中与DNA损伤作斗争,限制了细胞类型特定的表观遗传特征.

研究的目的:

• 开发一种新型的高通量单细胞测定,scFFPE-ATAC,用于分析FFPE组织中的染色质可访问性.
• 为了使长期存档的临床标本能够进行表观遗传研究.

主要方法:

• scFFPE-ATAC集成了适应FFPE的TN5转基因酶,超高通量DNA条形码,T7促进剂介导的DNA损伤修复和体外转录.
• 该方法在FFPE小鼠脏上进行了基准测试,并与新鲜组织进行了验证.
• 应用于已存档的人类淋巴结和肺癌FFPE组织.

主要成果:

• scFFPE-ATAC成功地在存档的人类FFPE组织中对表观遗传景观进行了分析.
• 在肺癌中,瘤中心和侵袭边缘之间确定了不同的调节轨迹.
• 在B细胞淋巴瘤样本中观察到与复发和转变相关的表观遗传动力学.

结论:

• scFFPE-ATAC克服了以前技术的局限性,使FFPE样本的高通量单细胞表观遗传学分析成为可能.
• 该方法促进了对有价值的档案样本进行回顾性,空间和机械表观遗传学研究.
• 使用历史样本,为了解疾病进展和治疗反应开辟了新的途径.