微生物:用于定量活细胞单分子显微镜的图像处理工具包
Luis U Aguilera1, William S Raymond2, Rhiannon M Sears1
1Department of Biochemistry and Molecular Genetics, University of Colorado-Anschutz Medical Campus, 80045, CO, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|November 19, 2025
概括
研究人员现在可以更容易地用开源Python应用程序MicroLive量化活细胞显微镜图像. 这个工具简化了复杂的数据分析,以实时可视化mRNA和蛋白质等单个分子.
科学领域:
- 细胞生物学 细胞生物学
- 生物物理学的生物物理.
- 显微镜的使用方法
背景情况:
- 活细胞光显微镜允许实时可视化单个分子 (例如mRNA,新生蛋白质) 的高分辨率.
- 分析这些实验产生的大型数据集需要复杂的计算管道,这对许多研究人员来说是一个障碍.
研究的目的:
- 介绍MicroLive,一个开源的Python应用程序,具有图形用户界面 (GUI),旨在简化活细胞显微镜图像的量化.
- 为研究人员提供一种可访问的工具来分析复杂的显微镜数据.
主要方法:
- 开发MicroLive,一个基于Python的交互式GUI应用程序.
- 实现关键的图像分析任务:细胞细分,光漂白校正,单颗粒检测/跟踪,点强度量化,通道间的局部化和时间序列相关性分析.
- 使用rSNAPed工具包和U-2 OS细胞显微镜图像生成的合成活细胞成像数据进行验证.
主要成果:
- 通过直观的GUI,MicroLive成功地执行了基本的图像量化任务.
- 使用合成数据进行的测试证明了精确提取生物相关参数.
- 在U-2 OS细胞的真实显微镜数据上证明了应用.
结论:
- MicroLive显著降低了对活细胞显微镜数据的定量分析的技术障碍.
- 这种开源应用程序可在活细胞中实时进行单分子可视化和分析.
- 在GitHub上,MicroLive可以在GPLv3许可证下使用.
