积极转录的区域相互作用序列的高通量捕获揭示了一个复杂的以促进者为中心的调节网络
Xinxin Li1, Jinsheng Xu2, Xiaohao Yan3
1School of Public Health and Emergency Management, Southern University of Science and Technology, Shenzhen 518055, China.
积极转录的区域相互作用序列 (Hi-Coatis) 的高通量捕获揭示了基因调节机制. 这种方法在没有抗体的情况下在三维染色质结构中映射了活性调节元素及其相互作用.
科学领域:
- 细胞生物学 细胞生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 了解3D染色体结构和基因表达之间的相互作用至关重要.
- 现有的方法很难在复杂的3D染色体内识别调节元素.
- 活跃的转录信号和3D染色体相互作用是基因调节的关键.
研究的目的:
- 开发一种新的高通量方法,同时检测活性转录和3D染色体相互作用.
- 使用新方法来描述调节元素及其在基因表达中的作用.
- 为了研究细胞分化过程中的基因激活动态.
主要方法:
- 开发了积极转录的区域相互作用序列的高通量捕获 (Hi-Coatis).
- Hi-Coatis集成了活跃转录检测与3D染色体相互作用分析.
- 该方法需要低细胞输入,提供高分辨率,并且强大,避免抗体或探针.
主要成果:
- 在人类细胞中,Hi-Coatis捕获了超过93%的表达基因和>60,000个调节基因位点.
- 确定了重复/复制数变异 (CNV) 区域和C2基因的促进区域作为活性调节元素.
- 观察到静态基因在红色球体分化过程中过渡到活跃状态,受转录因子 (CTCF,RAD21) 和调控元素的影响.
结论:
- Hi-Coatis是一种高效,无抗体的方法,用于研究3D染色体结构和基因调节.
- 该方法提供了对各种基因组区域,包括CNV和促进区域的监管活动的见解.
- Hi-Coatis阐明了在分化过程中激活基因的机制,强调了特定因素和调节元素的作用.
更多相关视频
11:36Author Spotlight: An Integrated Workflow to Study the Promoter-Centric Spatio-Temporal Genome Architecture in Scarce Cell Populations
Published on: April 21, 2023
09:06High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture 4C-seq
Published on: October 5, 2018
相关概念视频
The Eukaryotic Promoter Region
The Eukaryotic Promoter Region
Cis-regulatory Sequences
Cis-regulatory Sequences
RNA Polymerase II Accessory Proteins
Cooperative Binding of Transcription Regulators
