PROTAC-PatentDB:一个 PROTAC 专利复合数据集.
Hong Cai1,2,3, Gengyuan Yao1,2,3, Yulong Shi4
1State Key Laboratory of Mechanism and Quality of Chinese Medicine, Institute of Chinese Medical Sciences, University of Macau, Macao SAR, China.
Scientific data
|November 19, 2025
概括
这项研究从专利中汇编了大量的蛋白质溶解向嵌合体 (PROTAC) 化合物的数据集,解决了计算药物发现的关键数据缺口. 精选的数据和网络服务器加速了人工智能辅助的新型蛋白质降解疗法的设计.
科学领域:
- 药用化学 医学化学
- 计算机化药物发现技术
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 化向化体 (PROTAC) 为向蛋白质降解提供了一种新的治疗方式,有可能克服传统小分子的局限性.
- 推动PROTAC研究的重大障碍,特别是计算和人工智能辅助药物发现,是公共分子结构数据的有限可用性.
- 专利代表着一个丰富的,但尚未探索的,新型化学实体的存储库,与药物化学相关.
研究的目的:
- 从专利文献中整理并提供PROTAC化合物及其相关目标的全面数据集.
- 通过解决公共PROTAC结构数据的稀缺问题,促进计算药物发现和人工智能辅助药物设计 (AIDD).
- 为PROTAC领域的研究人员建立一个公开可访问的资源.
主要方法:
- 系统收集和手动选2013年至2023年间出版的PROTAC专利.
- 专家策划以确定独特的PROTAC化合物及其相应的蛋白质标.
- 利用ADMETlab 3.0平台预测鉴定化合物的120种物理化学性质.
主要成果:
- 识别和策划了来自590个专利家族的63,136种独特的PROTAC化合物.
- 记录了与已识别的PROTAC化合物相关的252个不同的蛋白质标.
- 创建了一个包含所有化合物的物理化学性质的数据集,在Figshare和通过专门的网络服务器公开提供.
结论:
- 开发的PROTAC专利数据库和Web服务器显著提高了用于计算和人工智能驱动药物发现的数据可访问性.
- 该资源为加速设计和开发新型PROTAC治疗方法提供了宝贵的基础.
- 数据集的结构允许随着PROTAC相关的新专利的发布而在未来扩展,确保持续的相关性.
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